POP

POPはサーバにあるメールをパソコン等の端末にダウンロードして、端末上でメールを管理する仕組みです。
メリット：パソコン等に保存したメールの削除・移動等を素早く処理でき、端末の容量が許す限りメールを保存できます。
デメリット：複数のパソコン等でのメール利用は使い勝手が悪い場合があります。また、同時に複数台の端末で受信を行うことができません。上記から、1台のコンピュータしか使わないまたはメールを読むコンピュータを一台に決めている場合はPOP 接続を選択してください。

IMAP

IMPAはサーバにあるメールをパソコン等の端末にはダウンロードせず、サーバ上でメールを管理する仕組みです。
メリット：サーバ上でメールを管理しますので複数の端末での利用に優れています。また、開封状態等も共有されますのでメールを一元管理することが出来ます。
デメリット：メールサーバーの容量制限(現在は5GB)に達した場合、不用なメールをサーバ上から削除しなければ、新規に送られたメールを閲覧することができなくなります。上記から、複数のコンピュータでメールを管理したい場合やスマートフォンなどで外出先でもメールを見たい場合はIMAP 接続を選択してください。